Лімнологічний інститут є науковою установою, що виконує міждисциплінарні комплексні дослідження озера Байкал та інших водойм Сибіру.
Метою діяльності Інституту є отримання та застосування нових знань у галузі біології, хімії, фізики, геології та географії шляхом проведення фундаментальних наукових досліджень, спрямованих на розуміння процесів формування та функціонування водних екосистем, різноманітності та еволюції водних організмів, механізмів біологічного видоутворення, а також пошукових та прикладних наукових досліджень із зазначених напрямів.
Основні наукові напрямки діяльності Інституту:
- Лімнологія: механізми освіти, біорізноманіття, еволюція озерних систем;
- Сучасний стан та прогноз розвитку водойм та водотоків суші;
- Живі системи: комплексне дослідження гідробіонтів методами класичної та молекулярної біології та суміжних наук.
Лімнологічний інститут є наступником організованої 1928 р. Байкальської лімнологічної станції. Це був перший науковий заклад Академії наук у Сибіру. У 1961 р. постановою Президії АН СРСР № 49 від 20.01.1961 р. станцію реорганізовано до Лімнологічного інституту СО АН СРСР.
У складі ЛІН СО РАН – 1 науковий відділ, 12 наукових лабораторій. В Інституті працює 325 осіб; Кількість дослідників – 132 особи, їх віком до 39 років – 34%; 1 академік; 14 докторів наук; 108 кандидатів наук; 6 професорів; 8 доцентів.
До найважливіших результатів у галузі фундаментальних досліджень можна віднести такі:
- Встановлення причини масової загибелі байкальських тюленів (6 тис. голів, 1987–1988 рр.): ураження тюленів морбілівірусом чуми м'ясоїдних (собача чумка); можливість зараження тюленів морбілівірусом було доведено вперше у світі.
- Розшифрування байкальського осадового літопису палеокліматів останніх 8 млн. років та розшифрування субресцентних кліматичних літописів; безперервний літопис палеокліматів такої тривалості на континенті міг бути отриманий тільки на озері Байкал, всі результати були піонерними; робота була виконана у широкій міжнародній та внутрішньоукраїнській кооперації.
- Вперше для прісноводної водойми на прикладі озера Байкал розроблено та апробовано комплекс методик та обладнання для пошуку та картування приповерхневих скупчень гідрату метану та видобутку газу з них. Робота виконана у тісній співпраці з науковими та освітніми установами України, країн Європи та Азії.