Одружився у двадцять років і став сільським священиком. Але життя було нещасливим, його діти вмирали, а сам він вирішив, що його бездітність – знак до чернечого життя. Його дружина прийняла постриг у московському Олексіївському монастирі. Батько Микита пішов до Анзерського скиту біля Великого Соловецького острова.
У 30 років, він прийняв постриг і став Никоном, зрікся земних турбот, суєти. Засновник і настоятель скиту преподобний Єлеазар провів цей обряд. Никон багато, невтомно молився, багато днів постив, усією своєю душею служив Богу. Він був улюбленим учнем Єлеазара, служив прикладом для ченців.
На жаль, через деякий час між Никоном і настоятелем виникли розбіжності. Не знайшовши підтримки братії, Нікон пішов. Після довгих поневірянь, він вибрав Кожеозерський невеликий монастир. Неподалік монастиря, побудував собі келію і продовжив свій подвиг. Вів одиночний спосіб життя, в монастир ходив лише на служби. Братія його поважала, за рішучість, твердість, строгість, старанність.
У 1643 році, після смерті настоятеля, Нікона обрали головою монастиря. У 1644 році ігумен Нікон приїхав до Москви для збору пожертв для обителі, і зустрівся з царем Олексієм Михайловичем. І вже незабаром, за велінням царя, його було переведено до Москви, і призначено ігуменом Новоспаського монастиря. Молодий цар дуже добре і довірливо ставився до Никона, що подобалося боярам. Але цар продовжував своє спілкування, і вже 1649 року ігумен бувобраний митрополитом Новгородським.
Він завзято ставився до своїх обов'язків, їздив у в'язниці, приймав скарги ув'язнених, розповідав царю, спілкувався з народом. Люди полюбили його, багато хто знаходив втіху в розмовах з митрополитом. На богослужіннях, Никон скасував «багатоголосся» (одночасне читання та співи частин богослужіння). Він здійснював служби за суворо встановленими правилами, у вихідні читав проповіді. Взимку патріарх приїжджав до Москви, де служив у придворній церкві. Цареві дуже подобалися ці богослужіння.
Митрополит звернувся до Олексія Михайловича з проханням перенести мощі митрополита Пилипа із Соловків до Москви. Владику Пилипа заслали, а потім убили, за те, що він сміливо, говорив про злодіяння Івана Грозного. І ось у 1652 році святі мощі митрополита Філіпа перенесли до Кремля, до Успенського собору. У ту епоху це була значуща та важлива подія. Никон був приймачем патріарха Йосипа, і після його смерті очолив цю посаду.
У період правління церковю патріархом Никоном (1652-1658р) було побудовано багато храмів і монастирів. Було проведено реформу богослужінь, виправлено багато церковних книг. Патріарх збирав старовинні стародавні книги, вивчав їх. Цар з патріархом був у близьких дружніх відносинах. Усі прийоми вони сиділи поруч, цар навіть просив називати патріарха великим государем.