Багато патологоанатоми досі не бачать відмінностей у матеріалі біопсій та операційному матеріалі, або просто поєднують ці поняття. Вважають, що й матеріал взятий від живої людини, це біопсія. Однак біоптичний матеріал відрізняється від операційного не лише цим, а й методами обробки. За змістом біопсія є діагностичним заходом, у той час як операційний матеріал з'являється в результаті лікувальних маніпуляцій (біопсія у вигляді секторальної резекції молочної залози та знаючи морфологічний діагноз проводять радикальну мастектомію отримуючи операційний матеріал тканини молочної залози та регіональної клітини). Відмінності в обробці матеріалу полягають у наступному:
- матеріал біопсії найчастіше не підлягає вирізці, і зрізи з нього виготовляються на мікротомі, що заморожує.
- операційний матеріал піддається вирізці, і зрізи роблять із шматочків, залитих у парафін.Заморожуючий мікротом використовують не тільки для термінових біопсій, але і для звичайних. Різниця лише у часі фіксації. При виготовленні термінової біопсії формалін підігрівають (зменшується час фіксації до декількох хвилин), а при звичайній біопсії матеріал можна залишити у фіксаторі на кілька годин. Поясню для чого необхідний заморожуючий мікротом для звичайної біопсії. При взятті біопсії січуть ділянку шкіри або слизової оболонки, ці шматочки тканин складаються з епітелію і тканин, що підлягають. Для приготування зрізу шматочок повинен бути орієнтований так, що площина зрізу пройшла прямовисно по відношенню до епітеліального пласта. У гарячому парафіні це зробити дуже важко, якщо шматочки дуже маленькі. Зріз може вийти тангенціальним, а щодо такого мікропрепарату діагноз ставити не можна.Мікротом, що заморожує, дозволяє легко орієнтувати матеріал у чашці з водою і розташувати на столику мікротома. Шматочки шкіри, слизових оболонок, печінки та інших паренхіматозним органом ріжуться на мікротомі, що заморожує, дуже добре, і часто важко відрізнити скла приготовані таким методом від залитих у парафін. Молочна залоза ріжеться набагато важче, але все ж таки дізнатися пухлину і назвати її можна (аденокарцинома або епідермоїдний рак). Розгорнутий морфологічний діагноз щодо заморожених зрізів не дають. Якщо по зрізу приготовленому методом заморожування діагноз встановити неможливо, матеріал розморожують і заливають у парафін. В окремих випадках матеріал біопсії відразу направляють у заливку, без мікротома, що заморожує, це насамперед відноситься до лімфотичних вузлів при системних пухлинах, т.к. заморожені зрізи для диференціальної діагностики злоякісних процесів та реактивної гіперплазії непридатні. Розпізнати метастази епітеліальних пухлин у лімфотичний вузол зазвичай не важко (гістобудування епітеліальної пухлини дуже відрізняється від будови лімфотичного вузла).